淮海路校区分馆的前身是扬州医学院图书馆。现有馆舍面积5970平方米，实际使用面积2987.2平方米，在编工作人员20员，馆藏文献22万册（件），其中期刊1500余种（外文原版刊100种），以基础医学、临床医学、中医学和药理医学文献为主，设有图书阅览室、期刊阅览室、多媒体阅览室、文献检索室、流通室等读者服务部门，周开放时间90小时以上。
淮海路校区分馆1992年6月建立图书馆计算管理系统，50座的多媒体阅览室，配有5台打印机及1部数码相机。拥有复印机3台、防盗监察仪3套。 扬州大学图书馆举办JALIS三期项目申报研讨会
江阳路南校区分馆的前身是江苏水利工程专科学校图书馆，馆舍面积3930.14平方米，实际使用面积3445.83平方米。馆藏书刊近40万册，以水利、建筑、交通、环境工程和工程管理类书刊为主。江阳路南校区分馆是扬州大学图书馆“大流通、大阅览”服务方式的试点馆，读者只要在总入口处出示本人借书证，便可在馆内任一室内自主使用各类文献，方便读者的原则得到了充分体现。现有阅览座位1000余个。 一楼流通室提供文献借还服务，并适当提供阅览服务。二楼现刊、过刊室共设阅览座位328个，提供现刊、过刊阅览服务。三楼综合阅览室设座位288个，提供图书借阅服务。三楼专业阅览室和工具书阅览室合一，共设阅览座位112个，提供建筑类专业图书和各类工具书借阅服务。四楼听音室配备语言听说练习机及听音座位120个。
