1、主料：黄豆250克、清水适量 生抽1汤匙、凉开水1汤匙、白糖1小勺、味精少许 、纳豆菌粉1小包。
2、黄豆提前一晚泡上；泡发后的黄豆，比原来大出2倍。
3、黄豆放入电压力锅中，放入清水盖过黄豆；用煮豆的功能，约50分钟。
4、做纳豆的容器、工具用沸水消毒。
5、蒸好的黄豆沥掉水分放入容器中。
6、一小包菌粉放入汤匙中；放一点煮豆子的水，把菌粉调拌均匀；调好的菌粉倒入黄豆中，用汤匙翻拌均匀。
7、容器上附上一层保鲜膜，用牙签扎上眼。
8、把容器放在暖气上，上面盖一块干布或毛巾。
9、大约20个小时之后，变成这样；此时不能吃，要冷藏之后才能吃。
10、冷藏一夜后，用汤匙搅拌一下，会有很多拉丝。
11、把生抽、糖、味精，一汤匙清水拌在一起，淋在黑纳豆上就可以食用；可以放海苔拌着吃。
传统制法将蒸熟的黄豆用稻草包裹起来，稻草浸泡在100度的沸水中以杀菌消毒，并保持在摄氏40度放置一日，稻草上常见的枯草杆菌（纳豆菌）因可产生芽孢而耐热度高，杀菌过程不受破坏，高温培养速度快也能抑制其他菌种，并使黄豆发酵后产生黏稠的丝状物，这种黏稠外观
主要来自成分中的谷氨酸，被认为是纳豆美味的来源。
二十世纪后期高品质稻草取得不易，多已改用保丽龙或纸制容器盛装贩售。因此现代的制作方式，是利用蒸过的黄豆加上人工培养出的纳豆菌混合后，直接放在容器中使之发酵，黄豆以外之某些食品亦能制成纳豆。
而制作清酒时，原料的米中若不慎受纳豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，将抑制酿酒所需的酵母菌。酿清酒处所不可出现纳豆，其他发酵食品可能也有类似情况，制程需多加留意。
纳豆菌属于弱酸性，会阻碍乳酸菌制造的乳酸。在技术上已经开发出气味较弱的纳豆。
但由于使用了活发性较低的纳豆菌种，容易造成其他细菌的增殖空间。此外，纳豆菌的天敌是会寄生在细菌上的噬菌体病毒，在噬菌体开始作用后会降低纳豆菌的活动力，并可能造成其他细菌开始繁殖，因此应避免食用超过保存期限的纳豆。
纳豆菌属于弱酸性，会阻碍乳酸菌制造的乳酸。在技术上已经开发出气味较弱的纳豆，但由于使用了活发性较低的纳豆菌种，容易造成其他细菌的增殖空间。此外，纳豆菌的天敌是会寄生在细菌上的噬菌体病毒，在噬菌体开始作用后会降低纳豆菌的活动力，并可能造成其他细菌开始繁殖，因此应避免食用超过保存期限的纳豆
