车辆更换发动机后需要办理变更登记，将新发动机号改为原发动机号的行为属于违法行为，不能通过年检。
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条任何单位或者个人不得有下列行为：
（一）拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征；
（二）改变机动车型号、发动机号、车架号或者车辆识别代号；
（三）伪造、变造或者使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志；
（四）使用其他机动车的登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志。
《机动车登记规定》第十条已注册登记的机动车有下列情形之一的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请变更登记：
（一）改变车身颜色的；
（二）更换发动机的；
（三）更换车身或者车架的；
（四）因质量问题更换整车的；
（五）营运机动车改为非营运机动车或者非营运机动车改为营运机动车等使用性质改变的；
（六）机动车所有人的住所迁出或者迁入车辆管理所管辖区域的。
可以向登记地车辆管理所申请变更登记。属于本条第一款第（一）项、第（二）项和第（三）项规定的变更事项的，机动车所有人应当在变更后十日内向车辆管理所申请变更登记；属于本条第一款第（六）项规定的变更事项的，机动车所有人申请转出前，应当将涉及该车的道路交通安全违法行为和交通事故处理完毕。
