苏州大学附属第二医院目前是三级乙等医疗机构。
三香路1055号的苏州大学附属第二医院，1995年8月通过三级医院基本标准的评审，1998年卫生部出于控制部分三甲医院申请中出现的过分追求硬件比拼等问题，暂停资质评审工作，这一“资质关闸”直到2011年才被重启。2011年12月15日，江苏省医院复核评价和评审委员会办公室(医政处)对辖内21所三级医院评审结果予以公示，苏州二附院也首次被列入“拟确定为三级甲等综合医院”的名单中。正式被江苏省卫生厅确定为三甲医院。
在2012年下半年国家卫生部发起的三甲医院评审“回头看”整治不合规定而过度泛滥的三甲资源过程中，2011年后新增的240多家三级医院被视为无效。重灾区苏州大市范围内共有7家需重新定级，苏州二附院也在取消三甲资质之列。苏州二附院被剥夺刚刚获得不久的三甲资质。
我国医院等级评审启动于1989年，综合医院按任务和功能，由低到高分为一、二、三级。又按医疗水平及设施条件等分甲、乙、丙三个等级。“三级甲等”是目前我国医院的最高等级，属于辐射一定地区和覆盖一定人口的高水平医疗机构。
