二级建造师申请注销的流程如下：
通过系统提交注销申请
建造师本人或聘用企业通过所在省份的二级建造师注册管理系统提交注销申请，并上传相关证明材料，如离职证明等。
企业确认与提交材料
若由企业提出注销申请，企业需提交相关情况说明、解除劳动关系协议书等材料，并在系统中确认提交申请。
主管部门审核
提交申请后，相关材料将报送至当地建设主管部门。主管部门会对提交的材料进行审核，若材料齐全且符合要求，将予以注销。
等待审核与办理
申请人需等待主管部门的审核结果，审核通过后，将在系统中注销其注册信息，并公告注销注册人员名单。
注意事项
若存在未完成的工程项目或有法律纠纷等情况，可能会影响注销流程，因此在办理注销前应确保不存在此类问题。
具体的注销流程可能会因地区政策和相关规定的变化而有所不同，建议在办理前查阅当地相关的政策和规定。
建议：
建造师在申请注销前，应先登录所在省份的建筑业监管信息平台或相关网站，了解具体的注销流程和要求，确保准备齐全所有必要的材料。
若企业不配合注销个人证书，建造师可根据相关政策法规向当地建设主管部门申请“跨企业注销”。
