一、土壤污染
肥料对土壤的污染主要有化学污染、生物污染和物理污染。
1．化学污染。肥料的化学污染主要是化学肥料污染，而化学肥料对土壤的污染主要是磷肥污染，因为磷肥的原料磷矿石往往含有一些有毒物质如砷、镉、铬、氟、钯等，其中以可致癌的镉毒性最强。所以生产无公害农产品应优先选用含有毒物质低的磷肥及含磷复合肥。
2．生物污染。生物污染主要是施用未经无害化处理的有机肥引起的。垃圾、粪便、植物残体中微生物种类很多，其中不少含有对人体和植物有害的病源体，它们可能会以肥料的形式进入土壤。有的与作物接触使其感染病害，有的附着于作物，尤其是附着在蔬菜上，进入厨房，危害人体健康。
3．物理污染。未经处理的有机肥料，常混有塑料袋、煤渣、碎玻璃、建筑垃圾、旧金属等，大量施入土壤后将降低土壤保水保肥能力，影响土壤水分运动，妨碍植物根系生长。
二、水体污染
施肥对水体的污染主要由肥料中的营养元素和有害物质随降水和土壤水分运动进入水体造成的。大量施用化学肥料，是导致农作物种植区域水体污染的主要原因。水体富营养化导致水生植物如某些藻类过量增长，其死亡以后腐烂分解，耗去水中的溶解氧，使水体脱氧，引起鱼、虾、贝大量窒息死亡，使水质变差，并进一步发出恶臭，失去饮用价值，甚至不能用于农田灌溉。
三、大气污染
与大气污染有关的营养元素主要是氮。长期过量施用氮素化肥，必然会对大气产生污染。氮肥对大气的污染主要有氨的挥发，反硝化过程中生成的氮氧化物的挥发。氮氧化物对大气的臭氧层有破坏作用，是造成地球温室效应的有害气体之一。在温室大棚中，如果氮氧化物浓度过高，会对植物产生伤害，在潮湿条件下或在夜间要比干燥或白天受害程度严重。未充分腐熟的有机肥如果施在土表会散发恶臭，施人通气不良的土壤中会产生甲烷、硫化氢等有害气体，这对大气也会产生一定污染。
四、农产品污染
施肥对农产品的污染主要有生物污染与化学污染等方面。
1．生物污染。生物污染主要是由于有机肥和人畜禽粪处理和施用不当造成的，因为这些物料往往含种各样的病源物，如果不经过无害化处理，病菌、虫卵、病毒等就会附着在农产品特别是蔬菜上，食用不洁的蔬菜容易致人生病。
2．化学污染。化学污染主要表现在蔬菜上，由于过量施用氮肥使蔬菜中的硝酸盐含量增加，过量在人体内转化为对人体有害的亚硝酸盐。现在，许多叶菜类蔬菜中的硝酸盐和亚硝酸盐含量都已超标，有的超标还比较严重，对人体健康是一种潜在威胁。
