公园境内山高林密，空气湿润，水资源丰富，孕育了不少流泉溪流，并形成许多瀑布深潭。水系皆属西溪水系。大深坑的清溪、文山峡谷、钟石瀑布群、花桥溪水等水流量大，水质较佳，甘甜清洌。此外，境内还多处筑坝建库，小坪水库、莲花水库在蓄水、防洪、灌溉等方面都发挥出重要作用。森林公园植被属亚热带雨林区、闽南博平岭东南温热带雨林小区，其种类繁多，层次结构复杂，具有由南亚热带雨林向中亚热带常绿阔叶林过渡的特点。植被类型主要有常绿阔叶林、针叶林、针阔混交林、灌丛草坡、竹林、经济林等。
金光湖植物区系有维管束植物146科479属784种，其中被子植物119科442属733种，裸子植物4科6属7种，蕨类植物23科31属44种。其中以木荷、青冈、米槠、刨花楠等为优势树种，是处于泛北极植物区系向古热带植物区系过渡地带。莲花山景区共有维管束植物131科521属754种，其中被子植物108科488属710种，裸子植物3科5属6种，蕨类植物20科28属38种。植被以马尾松为主，局部有阔叶混交林。小坪景区以人工林为主，共有珍贵、速生的用材或薪炭树种30科76种，收集有乡土树种6科9种，主要乔木树种有湿地松、马尾松、火炬松、建柏、相思树、火力楠等。景区内主要经济树种有龙眼、柑桔、蜜柚等；林下植被主要有桃金娘、小叶赤楠、木冬、芒萁骨、檵木、杜鹃、黄栀子、黄瑞木、荚蒾、金樱子、白花苦灯笼、野菊等。有国家II级保护植物桫椤、闽楠、白桂木；省级保护植物翼核果、福建青冈、绒毛小叶红豆等；还有国家I级保护的金线莲、灵芝草、风鼓草等中草药材。野生动物主要有蟒蛇、穿山甲、水獭、苏门羚、勺鸡、刺猬、果子狸、野猪、黄麂、鹧鸪等。
