根据有利于保持森林生态系统的完整性，为保护对象创造良好的生存、栖息环境。有利于保护区自然资源和生境的保护管理和持续利用，最大限度地发挥保护区的生态、社会、经济三大效益。有利于保护和科研等基础设施的建设，便于科研活动的开展和对外交流合作的原则对保护区进行功能区划。
根据《中华人民共和国自然保护区条例》第十八条“自然保护区可以分为核心区、缓冲区和实验区”以及“原批准建立自然保护区的人民政府认为必要时，可以在自然保护区的外围划定一定面积的外围保护带。”等规定作为保护区功能区划分的主要依据。同时，结合保护区自然地理特征、生态环境条件、生物物种、植被类型组合的地域分异和利用现状等因素进行功能区的划分。
功能区划分：
（1）核心区是保护区内保存最完好的各种原生性生态系统及大熊猫等珍稀濒危动植物集中分布地，栖息环境条件好，区内无人为因素的干扰和影响，其范围包括了保护区的大部分原始林区。
核心区面积20110公顷，占保护区总面积的66.7 %。
核心区是保护区的最重要区域，主要任务是保持其生态系统不受人为干扰，在自然状态下进行更新和繁殖，保持其物种多样性，成为所在地区的一个遗传基因库。
核心区禁止任何单位和个人进入。如确因科研需进入核心区时，应事先向保护区管理处提出申请，并经省级以上主管部门批准后，方可在核心区从事相关科学研究工作。
（2）缓冲区 位于核心区外围，对核心区起保护与缓冲作用，扩大和延伸被保护物种生存和活动的区域。缓冲区由保护区内部分原生性生态系统、次生生态系统组成。缓冲区内可以进行某些试验性或生产性的科学研究，但需事先向保护区管理处提出申请，经主管部门批准方可。缓冲区内禁止狩猎、经营性采伐和旅游活动。
缓冲区面积5180公顷，包括保护区内大部分采伐迹地，占保护区总面积的17.2 %。
（3）实验区 实验区位于缓冲区外围，由部分原生或次生生态系统及人工生态系统（包括荒山荒地）组成，是人为活动相对频繁的区域，区内可以在国家法律、法规允许范围内进行植物引种、栽培和动物饲养、驯化等科学试验，开展生态旅游、发展多种经营。
实验区面积4874公顷，包括高山牧场以及生态旅游活动区域，占保护区总面积的16.1%。
（4）外围保护带 保护区周边地区森林面积大，珍稀动植物资源丰富。与保护区相邻的觉罗豁林场、中山林场均为原始林区，面积12179公顷，其中森林面积9526公顷，森林覆盖率80.5%，活立木蓄积量达150多万立方米；该区域已纳入天然林保护工程。
保护区周围的永红、高卓营、白家湾、烟峰、沙腔、梅子坝等乡亦有大面积的天然林和天然次生林，森林面积7348公顷，活立木蓄积约57万立方米。
由于保护区周边地区茂密的森林、特殊的环境，使其成为与保护区同等重要的大熊猫等珍稀动植物的栖息地。为了加强对该区域的大熊猫及其栖息环境的保护，形成完整的保护区域，规划将该区域划为外围保护带，北至马边河，东到高卓营河，外围保护带面积共29700公顷，其中国有林场面积12179公顷。
1、成都——五通桥——罗城——马边(320KM)住马边（中晚餐）早上从成都出发,途中经成乐高速公路，欣赏川西平原风光.经乐山到达有巴蜀江南水乡古镇之称的五通桥.五通桥是一座颇有特色的水乡古镇,涌斯河和芒溪河把五通桥分为四望关青龙嘴竹根滩三部分.午餐后继续前往罗城古镇参观，罗城的建筑布局非常独特，全镇坐落于山顶，街道房舍即如一艘航船，让人惊叹，然后逐渐进入山区，走进凉山，下午到达马边彝族自治县。(路况说明：成都至乐山为高速公路,乐山赴犍为为柏油路,犍为到马边是碎石路)
2、马边——金岩黑竹沟(180KM)住黑竹沟温泉（早中晚餐）早餐后从马边出发，翻越大凉山，沿途欣赏风格独特的彝家村寨，领略原始、纯朴的彝族风情.游览大凉山风光，感受彝家风情，中午翻越椅子垭口（海拔3200米），椅子垭口，终年积雪，冬天多是银妆素裹，风光迤俪。中午安排路餐,下午到达黑竹沟，进入神秘的,有死亡之谷之称的黑竹沟，领略中国的“魔鬼三角洲”百幕大。晚上安排彝家风味餐，参加热情、洋溢的彝家歌舞,烤全羊晚会.沐浴水质上乘，清澈的温泉,旅途疲惫顿消.(路况说明：马边到金岩黑竹沟为碎石路面。)
3、金岩黑竹沟——峨边——成都(291KM)（早中餐）早餐后从金岩出发,经峨边彝族自治县,途中欣赏大渡河大峡谷风光，回到峨边翻越二峨山到达峨嵋，下午经夹江沿成乐高速公路返回成都。行程结束!(路况说明：峨边赴峨嵋为柏油路,峨嵋到成都是高速公路。)
4、黑竹沟特点：黑竹沟温泉位于峨边与黑竹沟景区之间的公路旁，距峨边县城仅40多公里，距黑竹沟镇约10余公里。黑竹沟温泉千百年来在神秘黑竹沟的官料河旁静静的流淌，它是大地热情的自然流露，是大地给予人类的宝贵馈赠。我们为它的神奇疗效而惊叹。为它如孩童眼睛般的清澈而赞美。
5、黑竹沟泉眼众多，温度各异，可满足不同感受的需求。经省地勘局岩土水质检测中心检测分析，温泉水中含锶、锂、硼、氟、偏硅酸、硫化氢、及微量氡和金，达到国家医疗矿泉水标准。经国内外临床研究，此种温泉水对运动、神经系统、心血管疾病、糖尿病、痛风病、妇科病、皮肤病、性病以及慢性重金属（铅、汞）中毒等多种病患均可浴疗。
6、黑竹沟温泉山庄价格：温泉山庄相当于四星级宾馆，当地仅此一家宾馆，房价较贵，节假日或周末实行挂牌价，不打折。凡住在宾馆的游客可免费随便多次泡温泉，而不住在宾馆的游客，一般是60元/次。
