1.科属不同
川芎，又名山鞠穷、芎藭、香果、胡藭、雀脑芎、京芎等，是伞形目，伞形科，藁本属的一种中药植物。
白芷，又名川白芷、芳香 ， 为伞形目，伞形科，当归属的多年生高大草本植物。
2.形态特征不同
川芎，多年生草本，高40-60厘米。根茎发达，形成不规则的结节状拳形团块，具浓烈香气。茎直立，圆柱形，具纵条纹，上部多分枝，下部茎节膨大呈盘状(苓子)。茎下部叶具柄，柄长3-10厘米，基部扩大成鞘;叶片轮廓卵状三角形；复伞形花序顶生或侧生;花瓣白色，倒卵形至心形；幼果两侧扁压;背棱槽内油管1-5，侧棱槽内油管2-3，合生面油管6-8。花期7-8月，幼果期9-10月。
白芷，多年生草本，高可达2.5米。根粗大，直生，有时有数条支根。茎粗大，近于圆柱形，基部粗约5～9厘米，中空，通常呈紫红色，基部光滑无毛，近花序处有短柔毛。茎下部的叶大；叶柄长，墓部扩大呈鞘状，抱茎；叶为2～3回羽状分裂，最终裂片卵形至长卵形，长2～6厘米，宽1～3厘米，先端锐尖，边缘有尖锐的重锯齿，基部下延成小柄；茎上部的叶较小，叶柄全部扩大成卵状的叶鞘，叶片两面均无毛，仅叶脉上有短柔毛.复伞形花序顶生或腋生，总花梗长10～30厘米；总苞缺如或呈1～2片膨大的鞘状苞片，小总苞14～16片，狭披针形，比花梗长或等长；花萼缺如；花瓣5，白色，卵状披针形，先端渐尖，向内弯曲；雄蕊5，花丝细长伸出于花瓣外：子房下位，2室，花柱2，短，基部黄白色或白色。双悬果扁平椭圆形或近于圆形，分果具5果棱，侧棱成翅状。花期6～7月。果期7～9月。
