1.地膜采集法：最常用的孢子粉收集方法，在大棚灵芝生长地表铺设一层塑料地膜，这样集中统一收集弹射出来的孢子粉。这种方法具有省时省力的特点，但灵芝孢子粉很容易掺入灰尘和收到工业地膜的二次污染。
2.吸风机采集法：近年刚出现的一种类似于吸尘器的工业用吸风机采集孢子粉。这种方法虽然速度快，但最容易吸附进灰尘、粉尘和其他杂质。一般正规灵芝大棚不会采用这种方法。
3.人工套袋采集法：传统采集方法，在赤灵芝生长后期，人工给每株赤灵芝逐个套上收集纸袋，将弹射出来的孢子粉收集归袋，能避免灰尘杂质掺入，并且收集的为头道精粉。但费时费力，很多企业考虑到人工成本已不再采用。
