柴胡播种后3周左右开始出苗，1个月后全苗。柴胡出苗初期一般不进行田间管理，在苗太密的地方可适当进行间苗，出苗中后期不宜中耕，有草应及时拔除。苗高2厘米时，间隔6厘米定苗。柴胡当年生长3～4片真叶，具有较大根系，就能安全越冬。柴胡幼苗生长缓慢，易受杂草危害，应经常中耕除草。中耕宜浅，以免伤根埋苗。第二年返青后在苗高3厘米时，每667米追施人粪尿2000千克和饼肥50千克，或磷钾肥40～50千克。
7月份遇雨天补施有机肥或硝酸铵15千克。柴胡最怕积水，多雨天气及时排水，防止根腐病发生。在柴胡苗期要注意观察病虫为害，虫类主要咬食茎、叶或根部，防治方法为傍晚撒拌药麦麸毒杀。发现根腐或幼苗枯萎时，可用多菌灵、退菌特等灌根。
