主要有两种：固定型和活动型。
固定型毛豆种子：这种毛豆种子在发芽后，根部会生长出一条主根，主根向下深入土壤，不会产生侧根，因此又称为“直根型”。
活动型毛豆种子：这种毛豆种子在发芽后，根部会生长出多条侧根，形成一个茂密的根系，能够活动并钻进土壤深处，因此又称为“活根型”。
此外，根据毛豆的用途不同，种子也分为食用型和种植型两种。食用型毛豆种子通常较大，质地柔软，口感好，适合直接食用或者烹饪。种植型毛豆种子则通常较小，质地硬，含有较高的蛋白质和脂肪，适合种植用。
毛豆的种子不大是个圆形的，也有的像个陏圆形的。
