首先，稻谷霉变的发生与稻谷的含水量、环境的温湿度等因素有关，据了解，大多数霉菌适宜在20-40℃下生长繁殖，其中28-30℃是繁殖最快；在适宜的温度下，稻谷的含水量越高（水分≥15%），霉菌增长越快。有数据显示，含水量16.2%的稻谷在35℃条件下储藏40天就能明显观察到菌丝的生长。
第二，稻谷霉变与微生物（霉菌）活动有关，稻谷收割后若未及时晾晒，在含水量高的情况呼吸作用强，粮堆容易发热，或在储藏稻谷时，由于季节更替和气温变化使温差、湿度较大，稻谷粮堆会出现表层结露现象会出现发热，一旦出现发热而不及时降温降湿、降低含水量，霉菌便容易滋生。
第三，在储藏过程中出现米象、赤拟谷盗等虫害，因其生理代谢会产生热量导致稻谷水分增大，粮堆局部发热，逐渐滋生出大量霉菌引发稻谷霉变。
