南京农业大学专科设有金融，国际贸易，企业管理，农业经济管理，农艺，电子商务等专业。国家级特色专业：生物科学、农业机械化及其自动化、食品科学与工程、园艺、农业资源与环境、土地资源管理、动物科学、植物保护、农学、动物医学、农林经济管理。
学校设有农学院、工学院、植物保护学院、资源与环境科学学院、园艺学院、动物科学技术学院、动物医学院、食品科学技术学院、经济管理学院、公共管理学院、人文与社会发展学院、生命科学学院、理学院、信息科学技术学院、外国语学院、农村发展学院、金融学院、草业学院、政治学院、体育部等19个学院（部）。
南京农业大学招生专业有生物科学、农业机械化及其自动化、食品科学与工程、园艺、农业资源与环境、土地资源管理、动物科学、植物保护、农学、动物医学、农林经济管理等。
