无公害农产品认证的办理流程
1、县级工作机构自收到申请之日起10个工作日内，负责完成对申请人申请材料的形式审查。符合要求的，报送地市级工作机构审查。
2、地市级工作机构自收到申请材料、县级工作机构推荐意见之日起15个工作日内(直辖市和计划单列市的地级工作合并到县级一并完成)，对全套材料(申请材料和工作机构意见，下同)进行符合性审查。符合要求的，报送省级工作机构。
3、省级工作机构自收到申请材料及推荐、审查意见之日起20个工作日内，完成材料的初审工作，并组织或者委托地县两级有资质的检查员进行现场检查。通过初审的，报请省级农业行政主管部门颁发《无公害农产品产地认定证书》，同时将全套材料报送农业部农产品质量安全中心各专业分中心复审。
4、各专业分中心自收到申请材料及推荐、审查、初审意见之日起20个工作日内，完成认证申请的复审工作，必要时可实施现场核查。通过复审的，将全套材料报送农业部农产品质量安全中心审核处。
5、农业部农产品质量安全中心自收到申请材料及推荐、审查、初审、复审意见之日起20个工作日内，对全套材料进行形式审查，提出形式审查意见并组织无公害农产品认证专家进行终审。终审通过符合颁证条件的，由农业部农产品质量安全中心颁发《无公害农产品证书》。
法律依据：
中华人民共和国农产品质量安全法
第六条 国务院农业行政主管部门应当设立由有关方面专家组成的农产品质量安全风险评估专家委员会，对可能影响农产品质量安全的潜在危害进行风险分析和评估。
国务院农业行政主管部门应当根据农产品质量安全风险评估结果采取相应的管理措施，并将农产品质量安全风险评估结果及时通报国务院有关部门。
农产品质量认证体系是农产品质量的认证机构依据国家和地方的有关标准和认证规定，对区域内的农业生产环境、技术规程、产品质量等方面进行科学、可靠的监测后，确认其符合相关等级标准，为进入相应等级市场提供有效准入凭据的一种地方性认证实施体系。对于认定合格的产品、生产基地等颁发相应的证书。
农产品质量认证工作的程序：
提出申请→初步检查→检验评定→颁发认证证书→监督复查农产品质量认证主要是对农产品的质量是否合格或质量达到哪种等级进行鉴定。大体上农产品可实行三级认证制度，即准入级、优质级和出口级。
准入级农产品，应符合“标准”规定的最低标准，属于强制实行的标准，不发证书，生产者必须执行。
优质级农产品，经生产者申请，由认证机构根据“标准”审查合格后，发给质量认证证书和发放相应的标志。
出口级农产品，经生产者申请，由认证机构对其生产过程进行审查合格后，发给准予出口农产品的产品认证证书和标志，并向外界推荐此类农产品。
