1、概念不同。
无公害农产品是指产地环境、生产过程、产品质量符合国家有关标准和规范的要求，它的最基本要求是农药、重金属、硝酸盐及兽药等有害物质的含量（或者残留量）要控制在允许的安全范围内（比如国家标准）。经认证合格获得认证证书并允许使用无公害农产品标志的未经加工或初加工的食用农产品。
绿色食品是指产自优良环境，按照规定的技术规范生产，实行全程质量控制，产品安全、优质，并使用专用标志的食用农产品及加工品。
经中国绿色食品发展中心认可，许可使用绿色食品商标的产品，在生产和加工过程，禁止使用绿色食品标准规定的、不允许使用的化学合成的农（兽）药、化肥、食品添加剂和基因工程生物及其产品等对人体健康和生态环境有害的物质。
有机食品是指根据有机食品种植标准和生产加工技术规范而生产的、经过有机食品颁证组织认证并颁发证书的一切食品和农产品。它的生产和加工方式是“有机”的。
通俗来讲，就是完全不使用任何人工合成的化肥、农药、生长激素、兽药和饲料添加剂，也不用基因工程生物及其产品，所以原生态或者纯天然是对有机食品非常精确的概括。
2、产品标准不同。
无公害食品不允许使用国家禁用的高毒高残农（兽）药、推广使用低毒低残农（兽）药；绿色食品推畅减量化和限制使用部分常规农药、化肥、兽药、食品添加剂和基因工程生物及其产品等对人体健康和生态环境有害的物质；有机食品不能使用人工合成的农药、化肥、食品添加剂及基因工程生物及其产品。
3、标识不同。
有机食品标识在不同国家和不同认证机构是不同的，2001年国际有机农业运动联合会的成员就拥有有机食品标识380多个。
绿色食品的标识在我国是统一的，也是唯一的，它是由中国绿色食品发展中心在国家工商局注册的质量证明商标。
无公害食品的标识使用我国农业部规定的无公害农产品标志。
以上内容参考：百度百科-无公害食品；百度百科-有机食品；百度百科-绿色食品
标准不同
① 无公害农产品 ：
无公害农产品执行的是国家质检总局发布的强制性标准及农业部发布的行业标准。无公害蔬菜的产品标准、环境标准和生产资料使用标准均为强制性的国家及行业标准，生产操作规程为推荐性的国家行业标准，其中部分指标等同于国内普通食品标准，部分指标高于国内普通食品标准。
② 绿色食品 ：
绿色食品标准是由国家绿色食品发展中心组织制定的统一标准。A级标准是参照联合国联合国粮农组织和世界卫生组织食品法典委员会（CA C）的标准、欧盟质量安全标准制定的，高于国内同类标准的水平；AA级标准是根据IFO AM有机产品的基本原则，参照欧盟及有关国家有机食品认证机构的标准，再结合我国的实际情况而制定的。
③ 有机食品 ：
有机食品是不同的国家，不同的认证机构，其标准也不尽相同。我国是以国家环境保护总局有机食品发展中心制定了有机产品的认证标准即《DFFC有机认证标准》。目前，以国际有机农业运动联盟的基本标准为代表的民间组织标准和各国政府推荐性标准并存，强调生产过程的自然与回归，与传统所指的检测标准无可比性。
标识不同
① 无公害农产品标志
“无公害农产品”标志是由麦穗、对勾和无公害农产品字样组成，麦穗代表农产品，对勾表示合格，金色寓意成熟和丰收，绿色象征环保和安全。
② A级绿色食品标志
上方的太阳、下方的叶片和中心的蓓蕾。标志图形为正方形。绿标图形告诉人们绿色食品正是出自纯净、良好生态环境的安全无污染食品，象征着蓬勃的生命力。（绿底白）
③ AA级绿色食品标志
上方的太阳、下方的叶片和中心的蓓蕾。标志图形为正圆形，意为保护。绿标图形告诉人们绿色食品正是出自纯净、良好生态环境的安全无污染食品，象征着蓬勃的生命力。（白底绿）
④ 有机食品标志
一只手向上持着一片绿叶，寓意人类对自然和生命的渴望；两只手一上一下握在一起，将绿叶拟人化为自然的手，寓意人类的生存离不开大自然的呵护，人与自然需要和谐的生存关系。
认证机构不同
① 有机蔬菜 ：
有机蔬菜的认证机构国家环保总局有机食品发展中心。另外也有一些国外有机食品认证机构在我国开展有机食品的认证工作，如德国的BCS、美国的OCIA等。
② 绿色蔬菜 ：
绿色蔬菜主要中国绿色发展中心负责认证和最终认证审批。随着中国绿色食品发展中心加入了IFO AM，认证资格得到了大多数国家和机构的承认。
③ 无公害蔬菜 ：
无公害蔬菜的认证机构较多，目前农业部中国农产品质量安全认证中心和国家认证认可监督管理委员会及许多省市的农业管理部门都进行无公害食品的认证工作，但只有在国家工商局正式注册标识或颁发了省级法规的前提下，其认证才有法律效率。
认证方法不同
① 有机食品和AA级绿色食品
有机食品和AA级绿色食品的认证实行检查员制度，在认证方法上是以实地检查认证为主，检测认证为辅，注重生产方式，认证重点是农事操作的真实记录和生产资料购买及应用记录等。
② A级绿色食品和无公害食品
A级绿色食品和无公害食品的认证是以检查认证和检测认证并重的原则，同时强调从土地到餐桌的全程质量控制，注重产品质量。
目标定位和质量水平不同
① 目标定位 ：
a：无公害蔬菜以规范农业生产、保障基本安全、满足大众消费为目标，达到中国普通蔬菜质量水平。
b：绿色蔬菜以提高生产水平、环境良好、食品安全优质、满足更高需求、增强国内外市场竞争力为目标，达到发达国家普通食品质量水平。
c：有机蔬菜以保持良好生态环境，回归自然，人与自然的和谐共生为目标，达到生产国或销售国普通蔬菜质量水平。
② 质量水平 ：
a：无公害食品保证人们对食品质量安全最基本的需求，符合国家食品卫生质量标准，是最基本的市场准入条件；
b：绿色食品达到了国家的先进标准，满足人们对食品质量高层次的需求；
c：有机食品是满足更高层次的安全消费。
所以，可以把它们分为3个档次，即无公害食品是基本档次，A级绿色食品是第2档次，AA级绿色食品和有机食品为最高档次。
四、三者之间的关系
1、无公害蔬菜、绿色蔬菜和有机蔬菜都是经质量认证的安全蔬菜。
2、无公害蔬菜是绿色蔬菜和有机蔬菜发展的基础，绿色蔬菜和有机蔬菜是在无公害蔬菜基础上的进一步提高。
3、无公害蔬菜、绿色蔬菜和有机蔬菜都注重生产过程的管理，无公害蔬菜和绿色蔬菜侧重对影响产品质量因素的控制，有机蔬菜侧重对影响环境质量的控制。
4、无公害食品相当于绿色食品中的A级绿色食品，有机食品相当于我国制定的AA级绿色食品的标准。
