用于发酵食品中的细菌，主要有醋酸杆菌、非致病棒杆菌和乳酸菌3种。醋酸杆菌 常见于腐烂的水果、蔬菜、酸果汁、醋和饮料酒中。属革兰氏阴性无芽孢杆菌，兼性好氧，但易出现退化型。退化型菌体出现枝状、丝状等弯曲状。老培养物中的菌株革兰氏染色也常常出现变化。醋酸杆菌能氧化乙醇使之成为乙酸，因而是制造食醋的主要菌种。 醋酸杆菌
非致病棒杆菌 经常从土壤、水、空气和被污染的细菌培养皿或血平板中分离得到。非致病棒杆菌中的谷氨酸棒杆菌、力士棒杆菌、解烃棒杆菌经常用于味精（L-谷氨酸盐）的生产。它们能将糖分解成有机酸，并将含氮物质分解成铵离子，再进一步合成谷氨酸并积累于发酵液中。乳酸菌 能产生乳酸，是发酵乳制品制造过程中起主要作用的一类菌。按其对糖发酵特性可分为同型发酵菌和异型发酵菌。
酵素是食物发酵后的产物，以新鲜的蔬菜、水果、糙米、中药等植物为原料，经过榨汁或萃取一系列工艺后，再添加酵母菌、乳酸菌等发酵菌株进行发酵所产生的含有丰富的糖类、有机酸、矿物质、维生素、酚类、萜类等营养成分以及一些重要的酶类等生物活性物质的混合发酵液。
酵素，一词源于日本，即常说的“酶”。解放前我国的教科书上也称酶为“酵素”的，现在我国台湾地区仍称作“酵素”。然而现在市场广受青睐的被称作“酵素”的保健食品却不是称之为酶的“酵素”。据日本学者山内慎一所著《保健食品袖珍典》（保健食品ミニバブル）记述，“酵素”在日本的原名“植物酵素エキス”，翻译成中文是“植物之酶的提取物”或“植物酶提取之精华”的意思，是用各种植物作原料，用乳酸菌或酵母菌发酵所制成的发酵食品。
我国工业和信息化部发布的轻工行业标准《酵素产品分类导则》将酵素定义为，以动物、植物、菌类等为原料，添加或不添加辅料，经微生物发酵制得的含有特定生物活性成分的产品。其生物活性成分包含来自植物原料和微生物所提供的各种营养素和天然植物中的植物类功能性化学成分（phytochemicals），以及发酵生成的一些生理活性物质，包括氨基酸、肽类、维生素、多糖、多酚类、黄酮类、醇类、酯类、酶类、矿物元素、有机酸和各种益生菌。
