北京三甲医院新农合报销比例是50%。根据查询相关资料得知：
1、普通门诊核准医药费一级医院报销50%，二级、三级医院报销35%，区中医医院报销40%，实报资金封顶2500元。
2、住院和特殊病门诊核准医药费报销，一级、二级医院0起付，三级医院起付线1000元。实报资金封顶18万元。定点二级医疗机构的住院和特殊病门诊核准医药费报销0至2万元，报销65%。2万元以上至5万元，报销70%。5万元以上，报销75%。
3、在定点一级医疗机构住院和特殊病门诊治疗，其医药费报销70%。
4、在定点三级医疗机构的住院和特殊病门诊医药费报销，每段报销比例较定点二级医疗机构降低10个百分点。
5、患者急诊抢救留观后转入住院治疗的，其住院前七日内的留观费用，与住院费用一并报销。
6、患者急诊抢救留观过程中死亡，其死亡前七日内的留观费用按住院报销。
7、未参加北京市学生儿童大病医疗保险的农业户口在校学生及学龄前儿童，其住院和特殊病门诊核准医药费用报销，一级、二级医院0起付，三级医院起付线650元，起付线以上部分报销70%。
新农合三级医院就诊报销20%。
新型农村合作医疗报销范围为：参加人员在统筹期内因病在定点医院住院诊治所产生的药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等符合城镇职工医疗保险报销范围的部分（即有效医药费用）。
新型农村合作医疗基金支付设立起付标准和最高支付限额。医院年起付标准以下的住院费用由个人自付。同一统筹期内达到起付标准的，住院两次及两次以上所产生的住院费用可累计报销。超过起付标准的住院费用实行分段计算，累加报销，每人每年累计报销有最高限额。
新农合外地就医报销携带材料：
1、患者的《农合证》、户口本、身份证原件。
2、全省统一的新型农村合作医疗转诊、转院审批表（外地务工或外地居住的不提供新型农村合作医疗转诊、转院审批表，需提供务工所在单位或居住地村级以上部门证明）。
3、诊断证明。
4、出院证。
5、住院医疗费用汇总清单。
6、住院收费发票（如提供地方税务监制的民营医疗单位发票，须提供其卫生主管部门确定其为新型农村合作医疗定点医疗机构的文件，是复印件要加盖出台文件单位的公章）。
7、加盖公章的住院病历复印件（包括病历首页、长期医嘱、临时医嘱、出院小结）。
