农产品自产自销，可以按照发票上注明的销售额的13%扣除率计算进项税额进行抵扣。财税规定，批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。农业生产者销售自产免税农产品(包括农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品)，开具的普通发票仍然按照13%的扣除率计算抵扣进项税额。
企业经常向农业生产者个人购进自产农产品的，可以向主管税务局申请农副产品收购发票，在购进时自行据实开具;或者，可以由农业生产者去税务局申请代开免税销售发票。无论是企业自开的农副产品收购发票，还是税务局代开的免税农产品销售发票，均可以作为进项税额抵扣凭证。
农民专业合作社和农业企业等，销售自产的农产品时，可以开具免税的农副产品销售发票。因此，购进企业向这类农业生产的组织和企业采购农产品，应积极索取合规的发票，以作为进项税额抵扣的凭据。
农副产品收购发票或自产自销农副产品销售发票，可以抵扣的进项税额=票面金额×9%，用于生产13%税率深加工产品按照10%扣除率计算进项税额。
法律依据
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第八条 纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式：
进项税额＝买价×扣除率
（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
农副产品免税的有：
1、农业生产者销售的自产农业产品免征增值税；
2、“农业生产者销售的自产农业产品”是指直接从事植物的种植、收割和动物的饲料、捕捞的单位和个人销售的注释所列的自产农业产品；对上述单位和个人销售的外购的农业产品，以及单位和个人外购农业产品生产、加工后销售的仍然属于税法注释所列的农业产品，不属于免税的范围，应当按照规定税率征收增值税；
3、批发和零售的种子、种苗、化肥、农药、农机免征增值税。
农副产品零售申请免税提供的资料：
1、减免税申请报告，列明减免税理由、依据、范围、期限、数量、金额等；
2、财务会计报表、纳税申报表；
3、有关部门出具的证明材料；
4、税务机关要求提供的其他资料。
法律依据：《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条
下列项目免征增值税：
（一）农业生产者销售的自产农产品；
（二）避孕药品和用具；
（三）古旧图书；
（四）直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备；
（五）外国政府、国际组织无偿援助的进口物资和设备；
（六）由残疾人的组织直接进口供残疾人专用的物品；
（七）销售的自己使用过的物品。
除前款规定外，增值税的免税、减税项目由国务院规定。任何地区、部门均不得规定免税、减税项目。
