普通纳税人从小规模购买的农产品可分为两种情况：小规模纳税人销售的农产品为自产自销，小规模纳税人可按规定开具自产自售农产品免征增值税发票（普通发票）。一般纳税人取得自产自销农产品免税发票后，可按以下公式计算可抵扣进项税：可抵扣进税额=自产自卖农产品销售发票金额×9%，用于深加工的，也可加计扣除1%。小规模纳税人销售的农产品不是自产自销，而是按照税法开具了征收率为3%的增值税专用发票。
一般纳税人取得自产自销农产品免税发票后，可按以下公式计算进项税额扣除额：可抵扣进项税额=农产品增值税专用发票，不含税额×9%，用于深加工，可加计扣除1%。注：小规模纳税人销售的农产品不属于自产自销，如果开具的增值税专用发票税率为1%，则只能按照发票注明的税率抵扣；如果开具的是普通发票，则不可抵扣进项税。
农民不为自己从农民手中购买的农产品开具发票，但购买者为购买农产品向农民开具发票。（部分地区不提供此类发票）农民销售自己的农产品时，向税务机关申请代开一般发票免税。从农场、农业合作社等购买自产农产品，并获得农场、农业合作组织等开具的农产品销售发票。注：根据《增值税暂行条例》，销售自产农产的农业生产者免征增值税，因此，农产品购销发票上只有“购进价”，不含税。向一般纳税人购买农产品时，可以依法取得增值税专用发票。
如果企业经常向个体农业生产者购买自己的农产品，可以向主管税务局申请购买农副产品的发票，并在购买时自行开具。或者，可以到税务局申请由农业生产者代开免税销售票据。企业开具的农副产品采购发票和税务局开具的免税农产品销售发票均可作为抵扣进项税的凭证。
农产品发票如何申报抵扣进项
依据《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号）第二条：“纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。”也就是说，纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率，比一般规定的9%扣除率，再加计1%的扣除率。根据申报表填表说明，加计扣除部分填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第8a栏“加计扣除农产品进项税额”，填写纳税人将购进的农产品用于生产销售或委托受托加工13%税率货物时加计扣除的农产品进项税额。购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和对应的扣除率计算的进项税额。如果有加计抵扣的，按下列方式计算，加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按票面税率（扣除率）抵扣税额÷票面税率（扣除率）×1%。正常抵扣的金额计入到附表2对应栏次，加计抵扣的则填入附表二8a栏次。
法律分析：试点纳税人纳税申报时，应将《农产品核定扣除增值税进项税额计算表（汇总表）》中“当期允许抵扣农产品增值税进项税额”合计数填入《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第6栏的“税额”栏，不填写第6栏“份数”和“金额”数据。增值税一般纳税购进农产品，可凭增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票或销售发票抵扣进项税额。增值税一般纳税人从农业生产者购进农业生产者自产的农产品，可依据收购发票或免税的增值税普通发票，按票面金额*9%计算抵扣进项税；如果购入农产品用于加工适用13%税率的货物的，可以在领用时加计1%计算抵扣进项税；
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》 第二十二条 增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票，按照国务院税务主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。
