三农电子商务创新点包括产品创新，产业链创新和组织化创新。
一是产品创新。产品是营销的基石。知名度不等于美誉度，消费者因为名气产生关注，决定长期购买产品成为忠实客户的是品质信赖。目前农村电子商务多数产品处于行业中低端，技术含量和附加值不高，在激烈的市场竞争中突围，必须突破低端定位和恶性竞争风险实现转型升级。
二是产业链创新。让创新链与产业链融合衔接，互相交织、相互支撑，使创新活动贯穿于研发、生产、分配、交换、消费等各环节。以创新提升产业、发展产业，以产业召唤创新、促进创新，让创新和产业在时间轴上竞相攀升。用互联网改造工业和农业，从传媒和流通领域展示的价值传递和体验改进，拓展到制造、种植、研发等领域进行价值创造，将传统的经济形态与新经济深度融合。
三是组织化创新。分散的农村电商运作机制灵活，船小好调头，适应需求个性化、产品柔性生产的趋势。以特色产品为纽带，发挥农业合作社、集体经济组织等社会组织的功能，加强组织内部的合作交流，形成规模优势和品牌实力，比起单个业主的个人行为更加经济高效。抱团取暖是小企业集群发展的生存之道，实现利益衔接和资源共享，在利他的同时也获得新的成长机会和空间。
