特产所现设有5个职能管理部门，设有特种经济动物、野生经济动物预防兽医学、经济动物人兽共患病、药用植物、特作园艺、动物生物技术等六个研究室和农业部特种经济动植物及产品质量监督检验测试中心、中国农业科学院经济动物疫病研究中心、吉林省中药现代化种植（养殖）技术研究室（重点实验室）、吉林省现代中药工程技术中心等4个实验室、研究中心。
建有特种经济动物饲料与营养、繁殖技术、遗传育种，经济植物栽培、植保、植物营养，生物技术，特种经济动物病毒学、野生经济动物人兽共患病实验室，成立了中农特生物制品有限公司、吉林特研药业有限公司、中特特种动物饲料科技有限公司、中国农业科学院特产研究所参茸制品有限公司等4个独立核算企业。还建有农业部长白山生物资源野外科学观测实验站、吉林省中药材有效成分提取工程中心、野生经济动物生物制品GMP车间。
该所现拥有各种大型仪器128台件；图书馆藏书3.6万余册；主办编辑出版《特产研究》、《特种经济动植物》2个全国性期刊及《中国毛皮动物》、《中国鹿业》2个内部期刊；是中国农学会特产分会，吉林省特产学会的挂靠单位；承担“特种经济动物饲养学”、“药用植物资源学”博士研究生、“野生动植物保护与利用”和“农产品贮藏与加工”硕士研究生培养工作。
本刊于1980年由中国原子能农学会和中国农科院原子能利用研究所共同主办（原名《原子能农业应用》），1987年更名为《核农学报》，是核技术和生物物理技术在农业和生物学领域唯一的学术期刊。《核农学报》为双月刊，80页，大16开 本。国内外公开发行。主要刊登核技术（包括辐射等生物物理技术、各种人工诱变技术和同位素示踪技术等）在农业科学中应用研究的学术论文、综述、专论、科技 信息及知识介绍等，此外，还刊登其他相关技术，如农产品贮藏加工、生态农业、农业生物技术、农业信息技术、节水农业、精品农业等方面的学术论文。学报充 分、及时地报道了我国在该领域研究和应用的重要成果，为科研和教学提供了宝贵的参考资料，对农业生产和本学科的发展起了推动作用。
《核农学报》一直是北京大学图书馆和北京高校图书馆期刊工作研究会编制的《中文核心期刊目录总览》中全国农学类核心期刊，我刊一直在农业原子能应用领域保持着较高的声誉和知名度，被浙江大学、上海农业科学院等多家单位认定为一级期刊。我刊的发稿时滞为6-10个月。为了更好地为作者和读者服务，2005年开始增设了信息交流的栏目。中国科技信息研究所的数据（每年12月公布上一年期刊评价结果），我刊的影响因子和总被引频次见表1。可以看出我刊的载文量、总被引频次和影响因子进步很大，可以说是一年一个台阶。这从一个侧面表明了核农学和我刊发展的潜力。
