农产品收购发票的电子化备案流程如下：
1. 准备资料：收购方应提供收购合同、营业执照、组织机构代码证、税务登记证等相关资料;
2. 登录税务局网站：进入电子税务局网站，使用注册的账号和密码登录；
3. 进入备案模块：进入税控设备管理系统，选择农产品收购发票电子化备案模块；
4. 填写备案信息：系统会要求填写备案信息，包括企业名称、纳税人识别号等相关信息，校验无误后提交；
5. 等待审核：提交备案申请后，税务机关会对备案信息进行审核，时间一般为3-5个工作日；
6. 查询备案结果：备案审核结果可在电子税务局中查询，审核通过后可使用电子发票。
如果您还有疑问，建议联系当地的税务机关咨询详细备案流程。
