首先，农产品收购发票的开票单位是对方单位，可以是发票，也可以是盖有公章的收据，而销售发票就是你们公司开出去的合法发票咯。
其次，农产品收购发票体现的是进项税额，如果你是一般纳税人的话当然可以抵扣。而销售发票是销项税，只能减按13%税率征收，没有抵扣一说。
农产品这一块国家出台了很多税收优惠政策，如：
①农业生产者销售的自产农产品免征增值税。对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
②从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税。对从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税。
③自2019年1月1日至2021年12月31日，对农产品批发市场、农贸市场(包括自有和承租，下同)专门用于经营农产品的房产，暂免征收房产税和城镇土地使用税。对同时经营其他产品的农产品批发市场和农贸市场使用的房产，按其他产品与农产品交易场地面积的比例确定征免房产税和城镇土地使用税。
④国家指定的收购部门与村民委员会、农民个人书立的农副产品收购合同，免纳印花税。
在进项税额抵扣方面也有计算扣除的规定：
①从小规模纳税人处取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额;
②取得(开具)农产品销售发票或收购发票的，以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额;
③纳税人购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
:纳税人购进农产品允许按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率抵扣进项税额；其中，购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和10%的扣除率抵扣进项税额。
法律依据：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条和《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十五条第一项规定农业生产者销售的自产农产品免征增值税。农业，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业。农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人。农产品，是指初级农产品，具体范围由财政部、国家税务总局确定。
