巢虫是蜜蜂的主要敌害。它的危害形成主要是蛀食巢脾和蜂蛹，影响蜂群发展，甚至引起蜂飞逃。冬季巢虫一般以卵的形态附着在巢脾上。因此应抓紧时机杀灭巢虫卵。
冻脾试验表明，在零下7℃至零下8℃的低温下冻脾5～6小时，可以杀灭所有的巢虫卵、幼虫、蛹。因此，低温天气是冻脾的有利时机。具体做法是：每继箱放8～9脾，错开叠放在室外寒风侵袭处，一昼夜即可。
二硫化碳密闭熏蒸多年的经验表明，利用二硫化碳密闭熏蒸，可以杀死巢虫的卵、幼虫、蛹和成虫。经一次性处理，若无外部巢虫侵入，不会再有巢虫蛀食巢脾。利用二硫化碳熏蒸巢脾的具体做法是：每5～6继箱为一叠，每继箱放8～9脾，放进用新塑料薄膜做成的、扎住一端的大口袋内，在最上部放一盘状器皿，其中注入200毫升左右的二硫化碳溶液(按每继箱3～4毫升计算)然后扎住塑料袋上口即成。操作人员注意不要吸入二硫化碳。
