种子采收后经过晾晒，选出子粒饱满无病虫害的进行贮存。贮藏时要注意分门别类，避免互相混杂。花卉种子的寿命，因种子成熟情况和贮藏条件而不同。有的种子不能贮藏，一贮藏便失去发芽率，如秧海棠等。一般花卉种子的生命力可以保持２～３年或更长时间。贮藏时间太久，不仅降低了发芽率，且发芽后生长力差。
采用生石灰贮存法选用干燥、封闭的陶瓷容器，放置于室内干燥阴凉处，将花卉种子用薄牛皮纸包好，扎紧，分层环排于坛内四周，再把适量的氯化钙装入纱布袋，放入种子中间。氯化钙不要和种子直接接触，装满后密封坛口。石灰袋最好每隔1至2个月换一次。
木炭贮存法取木炭1千克装入小布袋内，放入经过消毒的玻璃瓶内底部，然后把已装好的花种分层排列在木炭上，直至装满后再密封瓶口。装木炭的布袋一般每月应更换一次。适合贮存较小、不易保存的种子。
暖水瓶贮存法将花卉种子装进新的暖水瓶中，然后用白蜡封口并裹以胶布，此法适用于家庭贮藏花种。
冷藏贮存法将含水量在9%以下的花卉种子装进容器内，容器口用胶布密封好，外面再裹上塑料薄膜，放于电冰箱内。控制温度在5℃左右，长期冷藏，效果良好。此法适用于珍贵花卉种子的贮藏。
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