食用菌生产，每年均有大量的废料（菌糠）产生，合理利用这些废料，既提高了经济效益，又实现了生态的良性循环和农业的可持续发展。
（1）用作林果业、农作物、花卉种植的肥料
菌糠是一种优质有机肥，在苹果、葡萄等树底挖环状或条形施肥沟，槽深0.5米，把菌糠深施后掩埋，可起到改良果园土壤、提高水果品质、增产增收的效果，且肥效持久。用作棉花花蕾肥，红薯、马铃薯的基肥，可显著提高产量。在花卉种植中，把菌糠与肥土混合并堆积发酵后，可作为花卉苗圃、花盆的养花基肥，长出的花草枝繁叶茂，花朵艳丽。
（2）加工成菌糠饲料
菌糠中含大量的蛋白质和多种氨基酸未被利用，将这些培养料及时晒干、粉碎、催化处理，可制成菌糠饲料。用来喂猪可替代60%的精料，并可缩短育肥时间；喂鸡、鸭、鹅等禽类，可替代40%饲料，并缩短土鸡出笼时间。
（3）再利用栽培鸡腿菇等
栽培完平菇、香菇、金针菇等品种的废料，只要培养料未被杂菌污染，即可晒干整碎后添加 30%的新原料来栽培鸡腿菇，其产量可观。又如用双孢菇、姬松茸的菌糠来栽培草菇等。
（4）用作燃料
凡袋栽的品种，将废菌筒晒干后用作燃料，效果很好。如可用作生产菌种和熟料栽培时的灭菌燃料；用作深冬温室大棚的升温等，既节约了能源，又节省了投资。
