应当被认定为有毒、有害的非食品原料主要有：
1、法律、法规禁止在食品生产经营活动中添加、使用的物质。
2、禁止使用的农药、兽药等。在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料的，或者销售明知掺有有毒、有害的非食品原料的食品的，处五年以下有期徒刑，并处罚金。
在食品加工中掺入有毒非食品原料如何处罚
1、在生产、销售的食品中掺入有毒的非食品原料的，应处五年以下有期徒刑，并处罚金；
2、对人体健康造成严重危害或者有其他严重情节的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；
3、致人死亡或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处罚金或者没收财产。
法律依据：《关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》第二十条
下列物质应当认定为“有毒、有害的非食品原料”：
（一）法律、法规禁止在食品生产经营活动中添加、使用的物质；
（二）国务院有关部门公布的《食品中可能违法添加的非食用物质名单》《保健食品中可能非法添加的物质名单》上的物质；
（三）国务院有关部门公告禁止使用的农药、兽药以及其他有毒、有害物质；
（四）其他危害人体健康的物质。
兽药有农业部公告176号，193号，1915号。
如果使用，会依据兽药管理条例进行处罚，含无害化处理涉及的食品动物+罚款，如果使用的是瘦肉精类的，还要以生产经营有毒有害食品罪追究刑事责任。
