随着工业的发展和有机肥料来源的局限性，化肥的用量呈大幅度增长的趋势，它对提高产量起到了重要作用。但是，化肥特别是氮肥使用过多，对生态环境带来了一些负效应，严重的已形成公害。例如氮肥中氨素的挥发，以及硝化、反硝化过程中排放出大量的二氧化氮有害气体，对人及动植物均会造成不同程度的伤害。化肥特别是氮肥和磷肥通过各种渠道流入湖泊、河流等水域，从而造成水体中富集营养以及地下水的污染。另外，劣质磷肥中所含的三氯乙醛进入水体后成为水合三氯乙酸，可直接污染水体。长期使用氮肥，还会使土壤中碳氮比失调，致使土壤微生物向腐殖质中寻求碳源和其他营养，使其分解从而造成土壤板结，理化性质变劣。硫酸铵、氯化铵等生理酸性肥料使用过多，易改变土壤的化学性质，随着理化性质的改变，土壤微生物的区系也随之改变，如纤维素分解细菌的减少，可使土壤中有机质难以腐烂。氮肥使用不当还会促使土壤中病原菌数量增多，生活力增强，果树等作物上大量使用氮肥，还会使蚜虫等害虫为害加重。
（1）氮肥的污染 氮素化肥在土壤中以硝态氮和铵态氮两种形式出现，但大多数植物主要吸收硝态氮，硝酸根离子被植物体迅速同化利用，所以一般不会对人畜造成危害。但氮肥施用过多，促使土壤中硝酸盐浓度增高，在土壤微生物的作用下，硝酸盐转化为亚硝酸盐，亚硝酸盐可与各种胺类化合物反应生成强致癌物质——亚硝胺，造成严重污染，对人体危害极大。虽然水果中硝酸盐、亚硝酸盐污染程度远远低于蔬菜，但亦应引起重视。
（2）磷肥的污染 磷是植物生长的必需元素，在土壤普遍缺磷的情况下，增施磷肥可明显提高作物产量。但是磷肥中含有镉、氟、砷、稀土元素和三氯乙醛，过多施用会影响植物对锌、铁元素的吸收。特别是一些劣质磷肥，不仅含有大量的有害重金属，而且三氯乙醛的含量亦很高，三氯乙醛在土壤微生物的作用下迅速转变为三氯乙酸，其毒性大于三氯乙醛，并会引起植物根系萎缩，枝叶生长不良，导致严重减产。磷肥亦是土壤中有害重金属的一个重要污染源，钙镁磷肥中含铬量较高，过磷酸钙中含有大量的镉、砷、铅等重金属。另外，磷矿石中还有放射性污染，其中主要是铀和镭。因此，磷肥所造成的污染不容忽视。
（3）钾肥的污染 过量使用氯化钾会使土壤板结，并会降低土壤pH，使之逐渐变酸，从而影响植物生长。另外，氯化钾中氯离子对果实及其他农作物的产量和品质均有不良影响，无公害草莓生产应禁止施用氯化钾。
近些年来，不少地块过量使用化肥的危害也渐渐凸显，比如土壤性质恶化，土壤的肥力下降，进而影响农作物的产量和品质，另外，如果种植蔬菜或水果，蔬菜的口感下降，水果的品质降低，不宜存放，其次，还会增加种植的成本，化肥越用越多，投入不断增加，利润也就越来越低。
而从大方面来说，过量使用化肥带来的危害也不小，其一，会加剧生态环境的污染，尤其是我们生存的水资源；其二，会威胁粮食的安全，化肥使用过量时，农作物自身抵抗病虫害能力会有所减弱，喷施大量的农药进行防治，农产品受到污染；其三，浪费资源，生产化肥所需的石油、煤、天然气、磷矿石等，都是紧缺的资源。
1、加大宣传力度近些年来，虽然农户们的认知在逐渐提高，但是，还需要继续加大宣传力度，让更多的农户知道过量使用化肥的危害，可以通过网络、媒体、科技下乡等措施，让农民了解科学施肥的重要性。
2、推广测土配方施肥过去施肥比较盲目，需要普及测土配方施肥，对不同区域、不同地块的土壤详细分析，种植什么作物，氮、磷、钾配比需要多少，中微量元素又需要多少，实现平衡施肥，以此来促进作物的高产，当然，这个工作相对比较复杂，需要多个部门综合努力。
3、增加有机肥的比重有机肥的特点比较明显，具有养分全、肥效长、无污染，改善土壤的理化性质，增加土壤保水、保肥的能力，提高农产的品质和产量，不过要注意一点，施用时要腐熟。
注意中微量元素的施用不少农户在种植时，底肥用了氮磷钾复合肥之后，就不再追肥了，忽视了中微量元素的施用，而增加中微量元素，可以让养分平衡供应，以此来提高作物的产量。
