猫使用硫酸新霉素滴眼液可能出现的副作用包括眼睛疼痛、刺痛感、流泪和红肿等不适症状。此外，还可能出现过敏反应，如皮肤瘙痒、呼吸困难、喉咙肿胀等。
新霉素在氨基糖苷类中的毒性最大，易引起肾毒性及耳毒性。猫每日大剂量（100mg/kg）肌内注射，几天后即出现肾毒性及耳聋。因此，使用硫酸新霉素滴眼液时需要谨慎，遵守医嘱，避免出现不必要的副作用。
依据革兰氏类型，需氧，厌氧，中度耐药等条件进行选择的，比如甲硝唑就是针对厌氧菌，万古则可以杀灭中度耐药的阳性菌，新霉素，青霉素可以杀灭大部分阴性菌,也有可能是根据耐药作用机制的不同，比如新霉素是氨基糖苷类，青霉素内酰胺类，甲硝唑是咪唑类，万古是肽类，他们的作用机制有显著区别，当然也有一些共同点。这样选择的目的是尽可能覆盖到所有的肠道微生物类型.强强联合效果才会更好。
