珠江的污染源主要有两大类：一是垃圾污染；一是城市生活污水。
其中，垃圾污染大致可分三类：一是上游水草垃圾，占45％；二是市区河涌垃圾污水，以东濠涌为例，每小时就产生300公斤垃圾；三是船舶污染。每天进出广州的船舶达8000多艘，以3公斤／艘／天的垃圾生产速度计算，每天由船舶造成的污染就达24吨。珠江上的飘浮垃圾物以20％／年的速度递增，仅从1998到2001年就打捞上10.38万吨垃圾。
城市生活污水是污染珠江的另一黑手。
珠江两旁的生活污水，大都直接排放到河涌，然后再汇入珠江。尤其是某些城乡结合部，大小粪便未经任何处理便排入河涌。每逢酷暑来临，许多河涌变得臭不可闻。
据统计，1985年广州市的生活废水与工业废水排放量共计7亿吨左右，到了1994年仅生活废水排放量就有7亿吨，占废水排放总量的68％，成为珠江广州河段主要的有机污染源。到2004年度珠江流域废污水排放总量182亿多吨，其中入河废污水量139亿多吨，珠江三角洲废污水排放量占总量的52％。而且，随着广州本身及其上游地区经济的发展，珠江水质还将会受到新的、更大的威胁。尤为严重的是，在广州市周围所产生的大量工业及生活废水，通过多条河流经广州入海，也将加重广州的水污染及供水的困难。而广州城市生活废水的处理率仅为10．8％，废水处理设施严重滞后。在这种情况下，未来的水源将如何解决，就成为广州市所要解决的首要问题之一。
如今，每天通过各种途径排入珠江广州市河段的垃圾约有1300吨，而仅有6条打捞船的珠江水上环卫队能找捞起来的垃圾，充其量仅占1/4，其它则四处飘荡或沉入江底。同时，每天有大约300万吨工业废水排入珠江，广州市内14条河流每天将同样数量的城市生活污水排入珠江，且这个排放量还在以每年15％的速度增长。监测数字表明，广州石门等水厂在80年代初期，水质可达2～3类标准，80年代后期，水质仍有3～4类标准，进入90年代，只能达到4～5类水质标准。珠江水质的恶化，已严重影响了芳村、河南、石溪、员村、黄埔等自来水厂的供水。如果遇到海潮顶托，进入珠江中段的污水和污染物就会回荡到上游的流溪河段，将严重危及广州最大的日产120万吨的西村水厂。
1995年枯水期，珠江前航道出现了约20公里长的黑臭带，而监测结果表明，珠江每升水中仅有溶解氧3．2毫克，江水日益发臭。由于受各种污水、污泥、污油的排入和填海造地等的影响，生态环境遭到空前破坏，珠江的渔场已经面临无鱼可捕的危险。珠江每年为珠江口海区带进大量的有机物和无机盐，加上气候条件优越，这里形成了盐度适宜、水质肥沃、饵料生物量高、渔业资源丰富的珠江口渔场和优良的浅海滩涂水产养殖功能区。但近年来随着珠江三角洲和港澳地区经济的迅速发展，各种工业“三废”、生活污水、污泥、船舶污油的大量侵入和房地产开发填海造地等，使珠江口海区赤潮不断发生，渔业生产损失十分严重。
据多家科研部门调查研究，1992年珠江口八大门入海的污染物总量达154万吨，其中含有大量的无机氮、油类、磷酸盐、铜、汞、铜、农药等，比1987年增加了63％。港、澳每年污水排放量6．6亿吨，未经处理直接排入珠江口海区的占64％。另外，珠江口沿岸各市县及香港、澳门的各类船舶等年排放油类超过30000吨，各市县向该海区倾倒的沙泥、碱渣等年均300万吨，香港填海造地倾倒沙石6亿立方米，倾倒疏浚污泥5．15亿立方米。该海区沉积物中汞、铜、锌、钢和油类等已严重超标，海水中无机磷、无机氮和油类的标准指数竟然高达6．52。
珠江海区的污染使栖息在该海区的鲷科、石首科、带鱼、乌贼、中国对虾等19种经济鱼类和25种经济虾类连续出现大量死亡，使洄游产卵繁殖的狮鱼、马鲛等鱼类锐减。该海区的著名“万山渔汛”已不成汛。过去每年能捕近10万尾的中国对虾，现在减至0．3万尾左右。一份资料表明，珠江口渔场的资源密度已由80年代每小时的360万公斤，下降到现在的2000公斤左右。与此同时，深圳、珠海两市的水产养殖业受害更重。具有悠久历史，曾创汇1400多万港元的牡蛎养殖业，产量连年下降，1993年仅2066吨，比1987年下降了23％。更甚的是，牡蛎食用时有油或其它怪味，港澳市场拒绝出售，广东大量的牡蛎养殖者连年受损。
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广东省投资445.87亿元综合治理珠江水环境。 由广东省环保局编制的《广东省珠江水环境综合整治方案》，将珠江三角洲确定为重点整治区域。治理工作共分两期进行，前期到2005年为止，后期到2010年为止。
根据方案，整治珠江的最终目标是使之变成广州的“塞纳河”。珠江变“塞纳河”共分三个阶段性目标：第一步是把城市污水处理率控制在70％以上，争取在2004年将广州建成国家环保模范城；第二步是市民能下珠江游泳；第三步是形成沿岸景观带，提高文化品位，使之成为货真价实的“塞纳河”。
到2010年，珠江流经城市河段有机污染将明显改善；国控、省控江段以及跨市河流交界断面水质80％达标，工业废水排放90％达标；城市生活污水处理率达到60％以上，珠江三角洲和经济特区城市达到70％以上。
据介绍，在这项综合整治方案中，确定投资的工程包括了161项污水处理项目和31项重点整治项目，并对全省175 家水污染严重的工业企业提出限期达标要求。
今明两年，广州将投入47亿元治水，其中32亿多元建污水处理厂，15亿元整治河涌。2010年，珠江广州河段水质将达到4类水质。
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