计算土壤微生物数量，常见的有两种方法，一种是传统的培养法，即平板法，将一定质量的土壤制成悬浮液，稀释后涂到培养基上，培养18-24h，在显微镜下找菌落数目，乘以稀释倍数，粗略估算细菌数量。但这种方法只能得到可培养的微生物数目，仅占土壤总细菌的1%，另外99%的微生物是不可培养的，用这种方法得到的值只是参考数值；
第二种方法是高通量测序的方法，提取土壤总DNA，通过测定土壤中所有DNA的碱基序列，与细菌的碱基序列数据库比对，得到细菌的名称（操作分类单位，OTU），根据序列的条数大概估算这类微生物所占的比例。但这种方法无法区分死亡的细菌和活着的细菌，也有一定的局限性。
