西瓜苗防治病虫害，最好不要用敌杀死，因为敌杀死易产生药害，造成死苗，应慎用。
育瓜苗的苗床和营养土进行药剂处理是防止苗期病害的关键措施。一般可用8－10克/平方米的以下药剂进行处理：50％多菌灵、70％甲基托布津、75％百菌清、70％敌克松等，上述药剂按1：30细土混匀后撒施苗床，或按0.3％比例混在营养钵中的营养土里。
苗床和营养土消毒灭苗处理的最好办法是：每0.11平方米土用福尔马林40毫升，加水3千克进行喷淋，用塑料薄膜覆盖堆闷4天，再掀开薄膜，扒开土堆，散药两个星期后再进行育苗，实践证明，保苗效果在85％以上，优于上述药剂。这样成本低、效果好，不仅可以灭菌，还可以杀死土壤线虫，减轻西瓜枯萎病危害，值得提倡。为了防止地下害虫和线虫危害，苗床和营养土还可以撒施适量的呋喃丹。
早春育苗，气候多变，尤其在低温阴雨，光照不足，时冷进热的条件下，更要抓好温棚通风，降湿，保温，以及间苗，炼苗，以避免幼苗徒长、瘦弱，降低植株抗性。
