蓝藻大量暴发会抑制其他有益藻类的生长，导致养殖池塘藻相单一；有些蓝藻还会向水体分泌有毒代谢物质引起养殖生物中毒抑制其生长；蓝藻被鱼类吞食很难被鱼类消化吸收；蓝藻多也容易因天气变化或者种内竞争导致大量死亡形成倒藻，消耗氧气，产生毒素，容易导致鱼类缺氧和中毒死亡。
处理蓝藻方法：
蓝藻少的情况：蓝藻少不建议杀，可以先换一部分新鲜水，再泼一遍浓度高的有机酸(养水宝)，天气晴好施硅藻肥和菌种，后期定期改底施下硅藻肥和菌种。
蓝藻多的情况：
蓝藻多时不得不杀，现在市面上有专门杀蓝藻的药，也可以用漂白粉或者硫酸铜杀(漂白粉一亩用1千克左右，硫酸铜一亩用250克左右)。根据养殖种类的不同选择不同杀藻药物，但是一定注意杀蓝藻时要注意天气，阴雨天不能杀，也不能全池杀，最好在下风口1/3处杀，杀死蓝藻3小时后一定要及时解蓝藻毒，之后同样要定期施硅藻肥和菌种来继续抑制蓝藻，稳定藻相，以防蓝藻复发。
