当前，我国畜禽健康养殖存在着很多的问题，如违禁饲料添加剂和抗生素的滥用、养殖造成的严重的环境污染、疫情的净化和控制不利等重大问题。其中，有毒有害物质的污染及残留就是一大类亟待解决的问题，包括抗生素残留、激素残留、致癌物质残留等。这些物质进入人体后，具有一定的毒性反应，如致癌、激素样作用、病菌耐药性增加以及产生过敏反应等。
我国肉类产量位居世界第一位。2006年达到8051万吨，但出口量仅占国内生产总量的3%～4%。并非国际市场没有空间，而主要原因是我们的产品不能达到发达国家的质量标准。其主要存在以下几个方面的问题：
（1）兽医卫生质量不过关 因动物疫病的监测、诊断、预防和扑灭等各个环节都存在着体系不健全、设施简陋、技术落后等突出问题，达不到国际兽医卫生组织要求的标准。
（2）兽药残留问题 由于养殖业主缺乏安全意识和经济利益驱使，也由于养殖环境的恶化和动物疾病的频发，滥用兽药及饲料添加剂现象较为普遍，导致畜产品兽药及有毒有害物质超标。近年来，兽药残留引起食物中毒和影响畜产品出口的报道越来越多，已成为人们普遍关注的一个社会热点问题。目前，传统饲养方式下生产的畜产品遇到了前所未有的困境。
（3）农药和重金属残留也严重影响畜产品质量和出口 动物生产依赖于植物生产。由于大环境、大生态不断受到破坏和恶化，作物或植物虫害、病害的发生，农药的大量使用及其在作物和土壤中的残留，间接导致在饲草饲料消费者——动物体内的残留；检测手段落后，饲料和添加剂原料质量标准低，导致某些重金属（如镉、铅、砷等）含量过高，致使在畜产品中的残留超标。
（4）饲养环境不良，严重影响动物福利和动物健康 养殖设施简陋、投入不足，片面追求产品数量和经济效益的最大化，淡化和忽视了产品质量。硬件跟不上，软件上不去，使畜禽生产难以进入良性循环的轨道。
（5）饲料标准低，营养不平衡 目前，我国尚无统一的饲养标准。尽管我国家兔饲料业发展迅速，但无序竞争激烈，受原料价格的影响和利益驱动，使用低质原料生产，营养不平衡。特别是优质粗饲料资源匮乏，发霉变质现象严重，很多生产厂家生产的商品饲料标准低，质量差。与健康养殖不协调。
（6）疾病严重 千家万户饲养、兔场设计不规范、环境控制能力低、品种不标准、饲料不全价、管理的科技含量低等，造成疾病严重。尤其是腹泻病和呼吸道疾病普遍，是生产中的两大顽疾。
