一、选择高效低毒的绿色无公害农药
对于综合种养的稻田鱼虾养殖来说，稻田施用农药必须选择高效低毒无残留 无公害的药物。在目前的水稻种植中使用的农药品种较多，不可使用毒性较重的农药，如地呋喃丹、氟氯氰菊酯、五氯酚钠等杜绝使用。在杀虫治病过程中使用高效低毒的绿色农药，这样既对稻谷的质量安全有利，对稻田所产出的水产品的质量安全也十分有利，使用绿色无公害的农药或鱼药是当前种养业的大势所趋，更是广大种植养殖户必须牢牢把握的操作准则。
二、做好农药施用前的各项准备工作
为了减少稻田施药对养殖鱼虾及水稻的影响，稻田施药前，应适当加深田水至7-10cm，或保持稻田边进水边排水的微流水状态，以降低施药时稻田水中的药物浓度。如果水稻病害十分严重，必须施用高毒农药，或治疗水稻根部害虫的需要，可在施药前降低田中水位到最低，将鱼虾赶到鱼沟、鱼凼中，并不断冲水对流，保持鱼沟、鱼凼中有充足的溶氧。若鱼虾数量较多或较大，鱼沟、鱼凼中无法容纳，可将鱼转入其他水体或网箱中暂养，待水稻病虫得到控制时，重新注入新水，再将鱼虾放回原稻田中养殖。
