蛋白质基因融合技术中，常见的标签有 His6，六个组氨酸残基组成的融合标签，可插入在目的蛋白的C末端或N末端。
当某一个标签的使用，一是能构成表位利于纯化和检测；
二是构成独特的结构特征利于纯化。组氨酸残基侧链与固态的镍有强烈的吸引力，可用于固定化金属螯合层析，对重组蛋白进行分离纯化。
GST，谷胱甘肽巯基转移酶标签蛋白本身是一个在解毒过程中起到重要作用的转移酶，它的天然大小为26KD。一般可以利用它增加外源蛋白的可溶性。
MBP，麦芽糖结合蛋白标签蛋白大小为40kDa，由大肠杆菌K12的malE基因编码。MBP可增加在细菌中过量表达的融合蛋白的溶解性，尤其是真核蛋白。 SUMO，SUMO标签蛋白是一种小分子泛素样修饰蛋白，是泛素类多肽链超家族的重要成员之一。
