养殖尾水的处理主要存在于封闭式循环水养殖模式中，其处理核心是基于生物接触氧化法的转氨作用，利用硝化细菌在有氧条件下将氨氮和亚硝酸氮转化为硝酸氮。
水处理的效率与硝化细菌附着基的材质、性状及其附着细菌的菌种、密度极度相关。
在部分尾水处理技术较好的养殖系统中，尾水的重复利用率能达到90%以上。现有养殖尾水处理系统中的硝化细菌和反硝化细菌是依靠自然选择、自然生长的，菌种、菌密度以及生长条件均无选择性，且硝化及反硝化过程没有清晰的分界线，处理工艺不清，硝化及反硝化效率低下，要求体积较大的微生物附着基，从而提高了水处理的成本。
