1、化学治理
化学防治蓝藻主要是通过喷施杀藻剂或者絮凝剂，也可以选择性施肥抑制蓝藻爆发，喷施药剂时可以选择明矾、西玛津、生石灰、改性黏土等，施肥时选择氮磷含量较高的肥料。
2、物理治理
物理防治蓝藻则是通过人工打捞、更换池水以及清塘消毒等方法，人工打捞适合在面积较小的养殖塘使用，对于面积较大的池塘可以经常换水，同时对池塘进行消毒，能够有效的消灭蓝藻。
3、生物治理
生物防治蓝藻时，可以在池塘中养殖鲢鱼类，通过食用蓝藻来阻碍生长，也能通过改善水中的氮磷比例，调整藻类的结构，例如氮磷的比值超过5时，绿藻就能超过蓝藻，抑制蓝藻的繁殖。
4、综合防治
想要治理蓝藻单一的使用一种方法不能完全控制蓝藻，需要同时采用化学、物理和生物治理的方法，使蓝藻的处于低水平的状态，能够有效抑制生长和繁殖，既不会出现大量死亡皮怀水体，也能很好的防治。
