水果酒曲和甜酒曲的主要区别如下：
1、本质不同
甜酒曲为糖化菌及酵母制剂，其所含的微生物主要有根霉、毛霉及少量酵母。水果酒曲则是水果发酵产生的酒曲。
2、发酵过程不同
甜酒曲，在发酵过程中糖化菌首先将糯米中的淀粉分解成葡萄糖，蛋白质分解成氨基酸，接着少量的酵母又将葡糖糖经糖酵解途径转化成酒精。这样就制成了香甜可口、营养丰富的甜酒酿。
水果酒曲则是其里面的糖化酶会把水果里面的糖分充分利用，最大程度提高酒的口感，产量。
3、用途不同
甜酒曲主要用于制作甜酒酿，在甜酒酿制作过程中，甜酒曲为主要的发酵制剂。水果酒曲主要用于制作甜酒。
