1.海洋细菌参与降解各种海洋污染物和毒物的过程，有助于保持海洋生态系的平衡和促进海洋自净能力。
2.海洋细菌是产生新抗菌素、氨基酸、维生素和其他生理活性物质的重要生产者;细菌参与海洋的沉积成岩作用，如参与硫矿和深海锰结核的形成等;在海洋成油、成气的过程中，细菌起着重要作用;海水具有杀菌效果，是由于海洋细菌的拮抗和溶菌作用，致使陆源致病菌迅速死亡。
3.海洋细菌可直接作为海洋经济动物的饵料;细菌参与对各种海洋物质的腐蚀、变性、污秽和破坏过程;某些海洋细菌是人体或海洋生物的致病菌;在特定条件下，海洋细菌代谢产物的积累会毒化养殖环境，如氨和硫化氢的积累危害生物养殖;也可以利用细菌的代谢活动来改善被毒化的养殖环境，如氨的氧化等。
