坎儿井之所以能在吐鲁番盆地北部的博格达山和西部的克拉乌成山,是因为每当夏季来临,就有大量的融雪和雨水流向盆地,当水流出山口后,很快渗入戈壁地下变为潜流.积聚日久,使戈壁下面含水层加厚,水储量大,为坎儿井提供了丰富的水源.吐鲁番大漠底下深处,砂砾石由粘土或钙质胶结,质地坚实,因此坎儿井挖好后不易坍塌.吐鲁番干旱酷热,水分蒸发量大,风季时尘沙漫天,往往风过沙停,水渠常被黄沙淹没；而坎儿井是由地下暗渠输水,不受季节、风沙影响,水分蒸发量小,流量稳定,可以常年自流灌溉.所以,坎儿井非常适合当地的自然条件.
