原理是利用厌氧发酵、中层过粪和寄生虫卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理。具体分为三个步骤：
第一池：截留含虫卵较多的粪便，利用寄生虫比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。
第二池：起进一步发酵、沉淀作用，粪皮和粪渣的数量减少，粪液处于比较静止状态，有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池：主要起储存粪液的作用，经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
农村三格式水冲厕所是一种改良型厕所，其原理是通过水冲洗来清理厕所。它包括三个部分：粪便收集池、沼气池和灌溉池。
当人们使用厕所时，粪便会被冲入收集池，水会将粪便冲入沼气池进行分解产生沼气。沼气可以用作燃料。经过沼气池处理后的液体会进入灌溉池，用于农田灌溉。这种厕所不仅解决了农村厕所卫生问题，还能提供能源和肥料资源，实现资源循环利用。
