1、种子
种子带毒容易被忽视，虽然通过种子直接传播的病毒不多，但种子表面携带的病毒往往成为设施内蔬菜病毒病发生的重要源头。这类病毒在种子萌发过程中侵入幼苗，造成苗子发病，且这类病毒通常通过接触传播，一棵发病的幼苗成为全田病毒病发生的源头，经过打杈等农事操作逐渐传播到全田。
常见的辣椒花叶病毒病、番茄花叶病毒病、黄瓜绿斑驳病毒病能够由种子传带病毒引起。
带毒种子的源头是制种田发生的病毒病，制种公司往往不重视繁种过程中发生的病毒病。
对种子进行清洗、热处理可以去除种子表面和钝化种子内存在的病毒。
简单清洗方法：盆中加入热水，用凉水和温度计调温度到55℃，加入种子，维持水温在55℃，浸泡15分钟，用于降低和钝化种子表面携带的病毒和其他病原菌。如果病毒病严重或怀疑有病毒，则用10%磷酸三钠溶液浸泡20分钟，捞出用清水洗净。包衣的种子无需用此方法处理。
2、带毒苗子
购买苗子和从外地调运苗子已成为常态，育苗过程中发生的病毒病症状不明显，不容易被发现。番茄黄化曲叶病毒病经番茄苗子调运扩散到我国多个省份，教训深刻。
对于一些无性繁殖材料，特别是根茎、块茎、枝条等，如果最初的材料携带病毒，会导致病毒病在快繁过程中普遍发生，如紫背天葵等叶菜。
3、设施、棚室内外杂草、花卉、绿植等，特别是多年生的杂草，是病毒保存库，使得病毒能够长期存活，通过蚜虫、粉虱等小型害虫传播到设施内的蔬菜上。病毒在杂草上通常不显症，但对茄科等种类蔬菜危害大。
4、小型害虫，如蚜虫、粉虱、蓟马、叶蝉等，群体大，繁殖快，寄主范围广，其传播病毒造成的危害更大。例如蚜虫能传播的黄瓜花叶病毒，粉虱能传播番茄黄化曲叶病毒、番茄褪绿病毒，蓟马能传播番茄斑萎病毒……这些在我国多地都有发生，严重影响番茄、辣椒等蔬菜的品质和产量。
还有两个方面能造成病毒病严重发生，但是在实际生产种却容易被忽视。
1、土壤
一些种类的病毒在土壤中能存活几年到十几年，如引起茄科、葫芦科蔬菜花叶病毒病的烟草花叶病毒、辣椒轻绿斑驳病毒、黄瓜绿斑驳花叶病毒等。目前常用的土壤消毒不能杀死病毒。
2、吸烟
烟叶中大多含有烟草花叶病毒、马铃薯Y病毒等对番茄、辣椒造成严重危害的病毒，这些病毒经烤制后仍具有侵染力，工人吸烟时手会沾染到烟丝中的病毒，再进行农事操作就会传播到蔬菜上。建议在大棚门口放置肥皂，操作人员进棚前要用肥皂洗手，然后再进行田间操作。进行棚室管理时禁止吸烟。
具体防控方法
每种病毒病发生有其关键的发生原因，找到了关键原因即可采取措施。病毒病防控策略：灭病毒源头，控制传播，早发现早清除，不随意用药.
常见的病毒类型主要有：植物病毒、烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒、甜瓜花叶病毒、菜豆金色花叶病毒、西瓜花叶病毒等几种常发性病毒。蚜虫的防治在蔬菜的病毒病治理中十分关键。因为蚜虫是蔬菜病毒病的重要传媒者和携带者。蚜虫繁殖力愈强迁飞的数量就愈大，传播病毒的机会就会愈多，蔬菜病毒病就会愈重。
科学施肥，在管理时使用化肥，有机肥，菌肥等搭配，提高土壤中的有机质含量，更有利于提高植物长势，这样蔬菜对病毒病的抵抗能力就会更强。特别要注意的是不应该偏施氮肥，种子用磷酸三钠浸种20-30分钟后洗净催芽，在分苗，定植前或花期分别喷洒0.1%-0.2%硫酸锌。选择50～100目左右防虫网，布置在大棚前沿部位和上风口位置。大棚内悬挂黄板蓝板诱杀害虫。选择合适的杀虫剂防治害虫，杀虫和杀卵结合用药。
做好设施密封工作。在设施的入口、通风口处一定要安装防虫网，杜绝白粉虱、灰飞虱、蚜虫等带毒害虫进入设施内部传播病毒。病毒病目前为止还没有药物可以直接杀灭，只能钝化使其不能繁殖，只要不繁殖蔬菜就可以正常生长，所以需要提前预防，可以经常喷洒抗病毒杀虫的药物，减少传播途径，苗期和生长前期，在这两个时期要及时防治蚜虫，可选用10％咇虫啉1500倍液或阿维菌素等药剂，每5-7天喷雾一次，连续用两次，压低虫口基数。
生物克菌灵是发明专利生物制剂，无毒无害无残留，治疗病毒成本低效果好。我们使用过吗啉胍、宁南霉素、氨基酸寡糖等农药，不是吹牛，灭活病毒机理完全不一样。
