em菌渗入水体后，能抑制病原微生物和有害物质，控制水环境中氨氮、硫化氢等有害物质含量，调控池塘微生物生态结构，提高水中溶氧量，促进有益菌群和有益藻类活化生长，增强水产动物免疫力，预防病害，降低发病率和死亡率。促进生长发育，增加产量。em菌种的光合菌还能利用水中的硫化氢、有机酸、氨和氨基酸兼有的反硝化作用消除水中的亚xiaosuan胺，从而净化池塘中的排泄物和残饵，改善水质。
不过em菌的水质净化能力有限，如果泼洒过多也会使水体ph值降低，影响水产，所以em在水产养殖中也就起辅助作用，主要还是要靠管理。
微生物制剂在水产养殖上的应用：
1、微生物制剂的净水作用
净水作用：光合细菌和芽孢杆菌可以降解水体中的有机污染物如死虾、腐烂水草等，消除水中过多的有机物质，从而提高水体的透明度，达到净化水质的目的。
2、维持水体中微生物种群的稳定
微生物制剂能修复生态系统，增加微生物种类的多样性，维持水体中微生物组成的稳定，从而增强水体稳定性。
3、微生物制剂能抑制有害菌类
有害菌和有益菌之间存在相互竞争相互排斥的关系。我们向池塘添加有益的微生物制剂,使有益菌成为优势菌群，挤占有害微生物的生存空间，从而抑制有害微生物的增殖。
4、微生物制剂作为饲料添加剂
微生物制剂能调节肠道消化菌落的结构，优化菌落组成，提高动物对食物的消化利用，因而微生物制剂常被用来作为饲料添加剂，提高饲料利用率，降低饵料系数。
5、微生物制剂调节藻类结构
微生物制剂能将水体中有机物质降解成为，利于水生微小植物的吸收的小分子无机营养盐，同时提高了水体中的溶氧含量，为有益藻类的生长提供良好的条件，使水体中的藻相均衡为水产动物提供更多的藻类饵料。
6、增强水产动物对病菌的免疫能力
微生物制剂中的光合细菌能产生胰蛋白分解酶抑制霉菌病，光合细菌还含有丰富的叶酸，食用可防止发生贫血病，微生物分泌的益生元有益于水产动物的免疫的提高。
7、降低水体中有害物质的含量
微生物制剂中的有些微生物以无机营养盐为食，水体中的氨氮，亚硝酸，硫化氢等物质可以成为微生物的食物，比如硝化细菌可以将亚硝酸盐转化为硝酸盐，硝酸盐可以被植物吸收利用。
