采用虾稻连作模式小龙虾发病较少，目前发现主要有两种病给小龙虾养殖带来损失。
1、病毒病。由病毒引起，表现为病虾螯足无力，解剖可见肝胰脏肿大，颜色变深；空胃，肠有拥堵、颜色分节现象。防治方法（1）用0.3~0.5mg/L聚维酮碘或四烷基季铵盐络合碘全田泼洒，连用二次，每次间隔1~2天；（2）每亩用100~150克二氧化氯兑水泼洒。饲料中添加酵母免疫多糖可起到预防作用。
2、纤毛虫病。由纤毛虫附着引起，表现为在成虾、幼虾、幼体和受精卵的体表、附肢、鳃等部位形成厚厚的一层“毛” 。防治方法（1）用0.3~0.5mg/L四烷基季铵盐络合碘全田泼洒；（2）按说明使用纤虫净或硫酸锌。另外，投喂克氏原螯虾蜕壳专用人工饲料，可促进克氏原螯虾蜕壳，使其脱掉长有纤毛虫的旧壳。
