苗床土壤全部消毒法，就是把所有的苗床土全部都消毒，这种方法是把甲醛、溴甲烷、氯化苦、棉隆等有熏蒸作用的药剂加入到土壤里密闭熏蒸。这种方法杀菌比较彻底，除杀死土壤里的病菌以外还能杀死土壤里的线虫、草籽等，但在杀菌的同时也杀灭了土壤里的有益微生物。另外有些农药毒性较高，对空气也有一定的污染，使用也比较费事。因此一般除非土壤病害特别严重的地方，一般很少使用。
比较常用的方法是使用杀菌剂。常用的杀菌剂有：金雷多米尔，苗菌敌，敌克松等。特别是金雷多米尔对苗期常见的两种主要病害立枯病和猝倒病都有很好的防治效果。具体的使用方法是在播种前把盖种子的土壤和金雷多米尔均匀混合，用量为每平方米的苗床土壤中，加入金雷多米尔5克～7克。然后三分之一铺到苗床上，播种后剩余的三分之二药土均匀地盖到种子上。用这种方法培育的幼苗一般就不会再感染苗期病害了。
