1、所属门类不同
生物工程属工学，是生物工程类；生物技术属于理学在生物科学类。
2、人才培养方向不同
（1）生物工程培养掌握生物技术及其产业化的科学原理、工艺技术过程和工程设计等基础理论、基本技能，能在生物技术与工程领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的工程技术人才。该专业广泛应用于功能食品开发、生物制药、农产品综合利用等领域，促进传统产业的改造和新兴产业的形成，是上述领域加强技术创新、发展高科技、实现产业化的基础,是从实验室研究通向大规模生产的桥梁。主要下游生产为主，就业以实践为重，如：氨基酸生产、酒酿造、产品检测等等，侧重应用。
（2）生物技术培养具备生命科学的基本理论和较系统的生物技术的基本理论、基本知识、基本技能，能在科研机构或高等学校从事科学研究或教学工作，能在工业、医药、食品、农、林、牧、渔、环保、园林等行业的企业、事业和行政管理部门从事与生物技术有关的应用研究、技术开发、生产管理和行政管理等工作的高级专门人才。主要为人们利用微生物、动植物体对物质原料进行加工，以提供产品来为社会服务的技术。
3、学科侧重不同：
生物工程：侧重生物和化学方向
生物技术：侧重数学、物理、化学、生物方向
