1、水质保护巡查
重点巡查入河排污口设置情况，有无未经批准擅自新建、改建、扩大排污口等情况；饮用水源地有无新增污染源及其他违法行为。
2、河湖（库）水域岸线巡查
重点巡查有无侵占河道、围垦湖泊、非法采砂、乱搭乱建以及乱占滥用、多占少用、占而不用岸线等突出问题。
3、水污染防治巡查
重点巡查有无新增入河湖（库）污染源、工矿企业污染、城镇生活污染、畜禽养殖污染、水产投肥养殖、船舶港口污染等情况。
4、水环境保护巡查
重点巡查有无新增黑臭水体，有无饮用水源地安全隐患，河湖（库）沿岸有无垃圾乱堆乱弃，污水乱排乱放，河湖（库）水面有无成片漂浮物（浮萍、水草、垃圾）等情况。
5、水生态安全巡查
重点巡查有无网箱养殖、矮围网围、电毒炸鱼及侵占自然河湖、湿地等水源涵养空间等情况。
6、其他情况巡查
其他有关污染河湖水质、破坏水环境、影响防洪、通航、供水、生态安全等情况。
水务巡查工作，通常以纸介质方式记录巡视情况，再人工录入计算机。容易出现信息传达不及时，信息共享不充分，不方便各级领导及时查看管辖区域内的水务工作开展情况
