大棚多层育秧可以采用以下方法：1. 制作好育秧用的沟槽。需要在大棚内部设立水沟，直接将秧苗栽植在沟槽内，以便在整个过程中管理。
2. 按照不同的生长阶段进行分层育秧。可以在每个育秧层设立不同的生长环境，以满足作物在不同生长阶段的需求。
3. 控制好水分。育秧环境中的湿度是非常重要的，需要随时调整来满足作物的生长需要。避免水分过多或过少，以免影响秧苗的生长。
4. 控制好光照。大棚育秧的光照要尽量与自然光照相似，为此，可以采用遮阳网等工具来调节光照。
5. 定期施肥。育秧过程中，需要定期给作物施肥，以满足它们的营养需求。可以采用各种有机肥料，以便于达到更好的育秧效果
